У суботу 12 березня 1911 року тринадцятирічний Андрій Ющинський не повернувся додому із Софійського духовного училища. 20 березня його тіло з багатьма ножовими пораненнями знайшли в печері на Лук'янівці. Першою в слідства виникла версія, що хлопчика вбили власні родичі. Він жив разом із матір'ю, вітчимом і двома молодшими братами, народженими матір'ю в шлюбі з вітчимом. Андрій не мав належного батьківського догляду і був тягарем для незаможної сім'ї. Навчання хлопця в училищі оплачувала тітка. Існували чутки, поширені раніше матір'ю Андрія, начебто на ім'я хлопця його батьком були покладені гроші. Однак доказів убивства Ющинського вітчимом чи іншими родичами не виявили.
Одразу після знаходження тіла Ющинського представники київської організації студентів-монархістів «Двоголовий орел» озвучили версію «ритуального вбивства», що буцімто євреї використали кров хлопця для приготування маци — прісного хліба на Песах (юдейське свято на честь визволення з єгипетського рабства).
У Російській імперії в XIX столітті відбулося кілька судових процесів, які ґрунтувалися на подібному міфі і саме в такому злочині чорносотенці звинуватили 37-літнього прикажчика цегельного заводу Менахема-Менделя Бейліса з огляду на те, що він жив поблизу місця виявлення трупа, а саме вбивство сталося напередодні Песаха. Особливість його ситуації полягала в тому, що у попередніх «ритуальних процесах» звинувачення були ініційовані представниками простонароддя, натомість «справа Бейліса» стала витвором влади, що підтримала ініціативу монархістів-антисемітів. Починаючи з арешту Бейліса у липні 1911 року, «ритуальне обвинувачення» стало основною версією досудового слідства.
Підтримка урядовцями «кривавого наклепу» відбулася в період активізації політичної боротьби та була зумовлена двома чинниками. По-перше, євреї — точніше особи юдейського віросповідання — не були повноправними підданими Російської імперії. Серед іншого вони були обмежені в праві вільно обирати місце проживання, в праві на освіту, не могли купувати й орендувати землю, обіймати посади на державній службі, одержувати офіцерські звання. По-друге, опозиційні та революційні сили, а також деякі впливові бюрократи виступали за скасування правових обмежень для євреїв. Тож фабрикація «справи Бейліса» давала змогу владі переконати суспільство у необхідності й надалі залишати євреїв обмеженими у правах і закинути опозиціонерам обстоювання прав «бузувірів». Однак самі урядники визнавали авантюрність «релігійного обвинувачення»: «Моє глибоке переконання, — а хотілося б, щоби воно було помилковим, — що Бейліса виправдають», — телеграфував один чиновник у Міністерство внутрішніх справ 8 жовтня (25 вересня за ст. ст.) 1913 року, у перший день судового процесу над Менделем Бейлісом.
Третя версія — «бандитського вбивства» — виникла невдовзі після появи перших двох і її обговорювали під час судового процесу на противагу «ритуальному обвинуваченню». Вона полягала в тому, що Андрій Ющинський через свого друга Євгена — сина очільниці злодійської банди Віри Чеберякової — якимось чином був пов'язаний з крадіями з Лук'янівки, які збиралися на квартирі Чеберякових, і був убитий через острах злочинців, що він розголосить їхні справи. Ця версія була розвинена приватним розслідуванням, яке паралельно офіційному проводили адвокат Арнольд Марголін і колишній слідчий Микола Красовський, відставлений за незгоду з «ритуальною версією». Чеберякова й учасники її банди на судовому процесі виступили свідками.
Слідство у «справі Бейліса» тягнулося більше двох років. Судові засідання тривали понад місяць — до 10 листопада (28 жовтня за ст. ст.) 1913 року. За цей час була заслухана велика кількість свідків — мешканців Лук'янівки, експертів з медицини, психіатрії та богослов'я. Адвокатами Бейліса виступили відомі правники та громадські діячі: один із лідерів партії конституційних демократів Васілій Маклаков, присяжні повірені Ніколай Карабчевський, Алєксандр Зарудний, Дмитро Григорович-Барський і Оскар Грузенберг. Обвинувачення підтримували, крім прокурора, впливові політики-чорносотенці — Ґєоргій Замисловський та Алєксєй Шмаков.
Склад присяжних засідателів був скоригований так, щоби серед них переважали селяни-українці. Організатори судового процесу були певні, що їх, малограмотних, вдасться переконати в існуванні у євреїв «кривавих ритуалів». Однак присяжні засідателі виправдали Менделя Бейліса: «Як судить Бейліса, коли розмов про нього на суді нема», — передавав сучасник розмову між присяжними з приводу того, що на засіданнях здебільшого обговорювали версію «бандитського вбивства» та «ритуальне обвинувачення» проти євреїв загалом.
Невдовзі після звільнення Мендель Бейліс разом із сім'єю полишив Російську імперію, у 1914 році оселився в Палестині. В 1920 році він переїхав до США, де написав мемуари «Історія моїх страждань» мовою їдиш. Помер і був похований у Нью-Йорку в 1934 році.
Вбивство Андрія Ющинського залишилося нерозкритим. Для тогочасних чорносотенців і деяких сучасних антисемітів постать «Андрія Київського» і його могила на Лук'янівському кладовищі стали символами їхніх переконань.