Першою хвилею відродження незалежної від Москви української церкви на канонічній території історичної Київської митрополії було постання Української автокефальної православної церкви (УАПЦ) формації 1921 року на чолі з митрополитом Київським і всієї України Василем (Липківським). Після невдалої — через спротив проросійського єпископату — спроби домогтися автокефалії церкви за період існування української державності в 1917-21 роках, проукраїнське крило священства на захоплених більшовиками теренах України скористалося радянським «Декретом про відокремлення церкви від держави і школи від церкви». На його підставі в 1919 році в місцевих органах влади зареєстрували українські парафії та отримали у користування на правах оренди храми і богослужбове майно, конфісковане в Російської православної церкви (РПЦ).
У жовтні 1921 року на Всеукраїнському соборі українські парафії об'єдналися в УАПЦ. З одного боку — через свій принциповий курс на українізацію церковного життя новостворена церква залишилася без єпископату (висвячували на Соборі, покладанням рук пресвітерів) і увійшла у конфлікт з РПЦ, з іншого — українізація церкви збіглася з більшовицькою українізацією 1920 року і як «буржуазно-націоналістично-петлюрівська» становила загрозу для побудови комунізму в Україні. Тому вона зазнала кілька хвиль репресій з боку влади і проіснувала як УАПЦ у 1921-30 роках та як УПЦ у 1930-36 роках.
У грудні 1941 року митрополит Варшавський Діонісій (Валединський) призначив архієпископа Полікарпа (Сікорського) адміністратором православної церкви на «визволених землях» України, започаткувавши другу хвилю відродження УАПЦ. Наступного року на Соборі у Пінську для УАПЦ було висвячено трьох єпископів та визнано за можливе прийняти ієрархів УАПЦ 1921 року, які вціліли під час більшовицького терору, у «сущому сані». З відновленням у 1943-44 роках радянської адміністрації ієрархи УАПЦ разом з частиною духовенства і віруючих виїхали за кордон. Серед цієї хвилі емігрантів був і майбутній предстоятель УАПЦ в США — владика Мстислав (Скрипник).
Третя хвиля відродження УАПЦ припала на час горбачовської «перестройки». 15 лютого 1989 року за участі правозахисників з Української Гельсінської Спілки, вчених, журналістів, релігійних діячів, студентів оформився Ініціативний комітет по відродженню та реабілітації УАПЦ формації 1921 року. Він оприлюднив «Звернення до Президії Верховної Ради СРСР та УРСР, до міжнародної християнської громадськості» із закликом до українських парафій залишити Український екзархат Московського патріархату і переходити до УАПЦ.
Восени 1989 року активісти автокефального руху запросили митрополита УПЦ в США (першоієрарха УАПЦ в діаспорі) Мстислава (Скрипника) очолити відроджену УАПЦ, парафії якої до кінця року зорганізувалися майже в усіх обласних центрах України. Стихійність відродження, небажання влади реєструвати парафії і вимоги «повернення майна УАПЦ», а також зіткнення навколо приналежності храмів з відродженими громадами Української греко-католицької церкви (УГКЦ) сприяли виникненню міжконфесійних конфліктів на заході України.
УАПЦ одразу ж зіткнулась і з проблемою набуття єпископату. Восени 1989 року заштатний (на пенсії) єпископ Житомирський і Овруцький Іоанн (Боднарчук) на запрошення активістів очолив УАПЦ. Але з одним єпископом церква не може існувати. Як і в 1921 році, звернення до Католікоса-патріарха Грузинської церкви, та ще кількох єпископів були невдалими. Поставлення нового єпископа відбулось лише в березні наступного року за участі єпископа Яснополянського (Російська зарубіжна православна церква) Вікентія (Чекаліна) та єпископа Луцького і Волинського Варлаама.
5-6 червня 1990 року в Києві за участі 703 делегатів з усієї України відбувся Всеукраїнський православний церковний собор УАПЦ, який проголосив утворення Українського (Київського) патріархату і обрання патріархом Київським і всієї України митрополита Мстислава (Скрипника), а на час його відсутності в Україні керувати церквою уповноважив митрополита Львівського і Галицького Іоанна (Боднарчука). Окремим рішенням українська була визнана мовою богослужіння.
Собор задекларував «уневажнення постанов Першого "Надзвичайного" собору УАПЦ 1930 р., на підставі яких було здійснено "самоліквідацію" УАПЦ під проводом митрополита Василя (Липківського)», а також звернувся до української влади з вимогою повернути храми і майно незаконно репресованої в 1921 році УАПЦ. По завершенні Собор випустив «Звернення до українського народу» про утворення Київського патріархату і надіслав відповідні телеграми до Вселенського патріарха Димитрія І, предстоятелям автокефальних церков, на Помісний собор РПЦ до міста Загорськ, Президенту СРСР Михайлу Горбачову та Голові Президії ВР УРСР Володимиру Івашку.
Ставлення до УАПЦ, що виникла на хвилі національного відродження, з боку РПЦ було (і залишається) вкрай негативним: Архієрейський собор РПЦ, що відбувся 30-31 січня 1990 року, приділив чимало уваги конфесійному протистоянню в Західній Україні та утворенню УАПЦ і телеграмою звернувся до Президента Горбачова з проханням «сприяти негайному припиненню актів насилля та беззаконня». Однак для Українського екзархату РПЦ з митрополитом Київським і Галицьким Філаретом (Денисенком) на чолі процеси відродження УГКЦ та УАПЦ і червневий Собор 1990 року стали поштовхом до перегляду ідеї автокефалії від її категоричного неприйняття до соборного проголошення автокефалії у листопаді 1991 року.
У липні 1993 року Україну відвідала делегація Вселенського патріархату. Її глава митрополит Халкидонський Варфоломей запевнив, що «на території Радянського Союзу ми визнаємо тільки Російську та Грузинську православні церкви».