Народження Володимира Антонович оповите таємницями. Хоча він сам завжди писав, що народився 18 (6) січня 1834 року в містечку Махнівка Бердичівського повіту Київської губернії (нині село у Вінницькій області), існують відомості про його народження у 1830 році у Чорнобилі. Не встановлено точно і обряд його першого хрещення (греко-католицький у Чорнобилі чи католицький у Махнівці). Рідним батьком Володимира Антоновича був Янош Джидай, син угорського революціонера, що виступав за відокремлення Угорщини від Австрійської імперії, натомість прізвище і по-батькові Володимир отримав від вінчаного чоловіка його матері Моніки Гурської (вона походила із зубожілого роду польських шляхтичів Любомирських) литвина Боніфатія Антоновича.
Дитинство Антоновича пройшло у Махнівці. У 1840-44 роках він навчався разом з дітьми панів Цибульських у містечку Горишківка біля Тульчина, в родині яких його мати працювала гувернанткою. Потім жив разом із Боніфатієм Антоновичем, який був гувернером в родині шляхтича українофіла Оттона Абрамовича. У 1844 році Володимира за згодою батьків віддали на виховання до Рішельєвського ліцею, директором пансіону якого був Янош Джидай. Після того, як у 1848 році в Одесі відкрилась 2-га гімназія, Володимира перевели до неї у п'ятий клас.
Скінчивши повний курс гімназії, у 1850 році за бажанням матері, Антонович вступив на медичний факультет Київського університету св. Володимира, по закінченні якого у 1855-56 роках мав медичну практику в Чорнобилі та Бердичеві якраз у розпал епідемії холери. По її завершенні Антонович повернувся до Києва і вдруге вступив до університету, цього разу на історико-філологічний факультет, який закінчив у 1860 році захистом кандидатської дисертації "О торговле неграми", що була написана під керівництвом професора Віталія Шульгина.
У 1861 році Володимир Антонович перейшов у православ'я (його хрещеним батьком став рідний брат відомого філософа Памфіла Юркевича Андрій) та одружився із Варварою Міхель. Подружжя мало чотирьох дітей — синів Івана та Дмитра і доньок Галину та Ірину. Менший з синів, Дмитро, пішов слідами батька, був відомим громадським та політичним діячем, істориком мистецтва.
Володимир Антонович викладав у 1-й київській гімназії, потім у кадетському корпусі, з 1863 року почав працювати у Тимчасовій комісії для розгляду давніх актів. За час роботи в комісії до 1902 року зібрав, відредагував, підготував передмови та видав 9 томів серійного документального видання "Архив Юго-Западной России", що стосувались історії Правобережної України XVI-XVIII століть.
Після захисту в 1870 році магістерської дисертації Антоновича обрали штатним доцентом (оминувши приват-доцента) по кафедрі російської історії Київського університету. Через 8 років там же він захистив докторську дисертацію та зайняв посаду ординарного професора, а у 1880 році став деканом історико-філологічного факультету. Одночасно у 1872-1906 роках він завідував Мюнцкабінетом (Нумізматичним музеєм) Київського університету, в якому зібрав понад 10 тисяч експонатів.
З 1883 року Антонович працював в університеті як професор. Серед його учнів — відомі вчені Дмитро Багалій, Петро Голубовський, Михайло та Олександр Грушевські, Митрофан Довнар-Запольський, Василь Данилевич, Іван Лінниченко. Лише після смерті Антоновича стало відомо, що він таємно од всіх щороку виділяв із власних гонорарів стипендії гімназистам і студентам.
З іменем Володимира Антоновича пов'язано становлення української археології як науки. Він брав активну участь у підготовці та проведенні III (1874) та IХ (1899) Археологічних з'їздів у Києві, у 1880 році був учасником Археологічного конгресу у Лісабоні. У 1882 році Антонович став одним з ініціаторів заснування першого в Україні історичного журналу "Киевская старина", активно співпрацював у ньому. Вчений був нагороджений орденом св. Анни 2-го ступеню (1874) та орденами св. Станіслава 2-го (1870) та 1-го ступенів (1903). У 1902 році він був обраний членом-кореспондентом Петербурзької Академії наук.
На початку 1880-х років цивільною дружиною Антоновича стала його учениця археолог Катерина Мельник, якою він офіційно одружився у 1902 році після смерті його першої дружини Варвари. Катерина Миколаївна упорядковувала домашній архів вченого, а у 1932 році підготувала до друку 1-й том "Творів" Антоновича (інші томи світу не побачили).
Помер Володимир Антонович 21 (8) березня 1908 року у Києві після тривалої важкої хвороби на 75-у році життя і був похований на Байковому кладовищі. Поруч з ним у 1942 році упокоїлась і Катерина Мельник-Антонович.
В особі Антоновича тісно поєднувались наука та його громадські, національні та політичні інтереси. Створена ним при університеті св. Володимира київська школа істориків заклала підмурівок сучасної української історичної науки. Історичне товариство Нестора-Літописця, одним із засновників та багатолітнім головою якого він був, також неабияк сприяло історичним дослідженням.
В історію національно-політичного українського життя другої половини XIX століття Володимир Антонович, за словами його учня Михайла Грушевського, увійшов як провідник польсько-українського "хлопоманства", народницько-культурної течії, послідовники якої ставили своїм завданням добровільне служіння своїм учорашнім "слугам", "тому народові, серед якого живеш", і як один із найвпливовіших творців Київської української громади та найвизначніший репрезентант київського українофільства 1870-80-х років та його "неполітичного культурництва". Він вважається одним з визначних творців польсько-української угоди 1890 року в Галичині, що відома під назвою "нова ера", та як один з ініціаторів національної організації українців Російської імперії кінця 1890-х років, з якої згодом виросла Українська демократична партія, що стояла на позиціях скасування абсолютизму в Росії, проголошення автономії України з українським крайовим сеймом, впровадження української мови в шкільництво, судівництво і цивільну адміністрацію.