У другій половині XVI століття самурай Ода Нобунаґа захопив японську столицю Кіото і, здобувши перемогу над рядом могутніх родів, а також буддистських громад Ода, підкорив столичний регіон. Проведені ним реформи в економіці, спрямовані на підтримку «вільної торгівлі», перетворили його землі на найприбутковіші у Японії і дали можливість створити професійну і добре озброєну армію, силами якої він розпочав об'єднання земель усієї Японії. По смерті Нобунаґи в 1582 році його наступником став Тойотомі Хідейосі, якому вдалось поставив під свій контроль увесь острів Хонсю і стати повелителем Японії.
У війні за спадщину Хідейосі, яка розпочалась в 1598 році, перемогу здобув Токуґава Іеясу, володар величезного регіону Канто і колишній соратник Нобунаґи. Його владу визнав імператорський двір і в 1603 році подарував йому титул сьогуна — новий, третій, сьоґунат було засновано у місті Едо (сучасне Токіо). 1605 року Іеясу передав посаду сьоґуна своєму синові Хідетаді, засвідчивши, що вона передаватиметься спадково у роді Токуґава. Протягом наступних 250 років сьоґуни з родини Токуґава очолювали законодавчу, виконавчу, а також найвищу судову владу в країні. Їх влада була настільки великою, що вони могли маніпулювати відреченням та інтронацією японських монархів у своїх інтересах.
В перші роки свого існування сьоґунат не переймався питаннями релігії, і християнством зокрема. Однак поступово, побоюючись згуртованості християн, особливо західних регіонів, жителі яких все частіше виїжджали за море торгувати до Східної і Південно-Східної Азії, створюючи там «торгові колонії» і часто приймаючи християнську віру, було введено обмеження на це віровчення. Бажаючи винищити у країні християнство і обмежити вільну зовнішню торгівлю, сьоґунат взяв курс на ізоляцію Японії від Заходу і монополізацію торгівельних відносин з Китаєм, Кореєю і Голландією.
Це привело до поступового занепаду країни, що особливо проявилось у першій половині XIX століття, коли Японію спіткав найбільший за всю її історію голод, від якого померло декілька мільйонів чоловік. Це виклакало повстання в країні, після придушення яких у країні почалась інфляція, з якою центральна влада була не в силах боротися. Зовнішньо-політичний курс «закритої країни» також зазнав невдачі — будучи не в змозі протистояти військовій загрозі з боку Британії, Росії і США, в 1854 році уряд був змушений відкрити для порти спочатку для США, а згодом й інших країн, надавши також право іноземним державам відкривати свої консульства.
Нова політика сьоґунату сильно вдарила по його престижу і викликала зневіру до нього як серед простого населення, так і самураїв, які почали виступати за реставрацію прямого імператорського правління. Під тиском опозиційних сил 14 жовтня 1867 року останній голова сьоґунату, 15-й сьоґун Токуґава Йосінобу, офіційно повернув імператору право «політичного верховенства» в країні. 3 січня 1868 року японський імператор Муцухіто позбавив сьогуна влади і очолив новий уряд країни. Токуґава Йосінобу розцінив такий крок нового уряду як зраду і вступив у конфронтацію із ним, що привело до громадянської війни, яка закінчилась у 1869 році поразкою прибічників ліквідованого сьоґунату і остаточним падінням інститутів самурайського уряду.